Una, kahit na ang parehong uri ng mga water purifier ay maaaring maglinis ng mga dumi ng tubig, ang kanilang mga prinsipyo sa paglilinis ay hindi pareho. Ang RO reverse osmosis water purifier ay nilagyan ng RO reverse osmosis membrane sa loob. Sa ilalim ng pagkilos ng presyon, ang tubig ay maaaring dumaan sa RO membrane, habang ang mga impurities tulad ng mga inorganic na salts, heavy metal ions, bacteria, at mga virus ay hinaharangan ng reverse osmosis membrane.

Nililinis ng mga ultrafiltration water purifier ang pinagmumulan ng tubig sa pamamagitan ng kanilang panloob na ultrafiltration membrane. Sa ilalim ng pagtulak ng pagkakaiba sa presyon, ang pinagmumulan ng tubig ay maaaring dumaan sa layer na ito ng lamad at salain ang mga impurities.

Ang dalawang uri ng mga water purifier, na gumagamit ng iba't ibang paraan ng paglilinis, ay may ilang mga pagkakaiba sa katumpakan ng paglilinis ayon sa kanilang mga prinsipyo. Ang RO reverse osmosis water purifier ay may RO membrane sa loob, at ang mga pores ng lamad na ito ay kasing liit ng antas ng nanometer. Kahit na ang maliliit na virus at bakterya ay libu-libong beses na mas malaki kaysa sa mga pores ng RO membrane. Samakatuwid, ang tubig na dumadaan sa RO lamad ay karaniwang naglalaman lamang ng tubig at walang iba pang mga elemento, at ang na-filter na tubig ay maaaring inumin nang direkta o pinakuluan.

Ang ultrafiltration water purifier ay may ultrafiltration membrane sa loob, at ang pore size precision range ng filtering membrane na ito ay 0.01~0.001μm, na isang order ng magnitude na mas malaki kaysa sa RO reverse osmosis water purifier. Kasabay nito, ang ultrafiltration membrane ay hindi lamang pinapayagan ang tubig na dumaan ngunit pinapayagan din ang ilang maliliit na molekular na sangkap na may mas maliliit na volume na dumaan, tulad ng ilang mga elemento ng mineral.